A transznacionális együttműködési programok lényege, hogy az egy területi egységként értelmezhető, több országból álló területek intézményei közösen keressenek megoldásokat a térséget érintőproblémákra. Magyarország 2014–től a CENTRAL EUROPE, valamint a DUNA transznacionális együttműködési programokban vesz részt.
A DUNA programterülete: Ausztria, Németország (nem teljes területével), Csehország, Szlovákia, Magyarország, Szlovénia, Horvátország, Románia, Bulgária, valamint Bosznia-Hercegovina, Moldávia, Szerbia, Montenegró, Ukrajna (nem teljes területével).
A Duna program prioritási: A Duna régióban levő K+F és társadalmi innováció erősítése; környezet és kulturális felelősség elősegítése; jobb összekapcsolódásért; intézményi együttműködések.
