A transznacionális együttműködési programok lényege, hogy az egy területi egységként értelmezhető, több országból álló területek intézményei közösen keressenek megoldásokat a térséget érintőproblémákra. Magyarország 2014–től a CENTRAL EUROPE, valamint a DUNA transznacionális együttműködési programokban vesz részt.
Az együttműködéseknek – a programok fenti célkitűzéséből adódóan – olyan kérdésekkel kell foglalkozniuk, amelyek esetében a közös munka hozzáadott értékkel bír ahhoz képest, mintha az adott ügyet a programban résztvevő országok partnerei külön-külön, nemzeti szinten kívánnák megoldani. Minthogy a projektek célja a megoldások közös keresése, de nem a „megoldás” megvalósítása, a projektek leginkább tervezési, kutatási, szakmai együttműködési jellegűek, melyek indokolt esetben kisebb kivitelezési elemeket is magukban foglalhatnak.
Egyes programok – amennyiben ezt a projekt jellege indokolja–lehetővé teszik profitorientált intézmények bevonását is a partnerségbe, minimális partnerszám legalább 3 partner a programtér három különböző országából. A transznacionális programok eddigi tapasztalatai alapján a projektek átlagos partnerszáma 8-10 partner 4-5 országból, amit a transznacionális projektek azon általános célja indokol, hogy a projektek a teljes programtér –vagy annak nagy része –számára releváns problémával foglalkozzanak
Az Interreg CENTRAL EUROPE program keretében kilenc közép-európai ország intézményei valósítanak meg együttműködési projekteket. A programterület Ausztria, Csehország, Horvátország, Lengyelország, Magyarország, Szlovákia és Szlovénia teljes területét, valamint Németország és Olaszország egyes régióit foglalja magába.
A program keretében az innováció és versenyképesség, a széndioxid-kibocsátás csökkentése, a természeti és kulturális örökség védelme, valamint a közlekedés és mobilitás területén nyílik lehetőség együttműködési projektek kidolgozására.
